Durante la última década del siglo XX el contexto del Museo de Antioquia no era el más alentador. La sede de aquella época, ubicada donde es hoy la Casa del Encuentro (52ᴬ#51ª #29, Medellín, Antioquia) estaba deteriorada debido a la precariedad de la Institución, al impacto de las obras públicas en el sector, a la estrechez del espacio y a los pocos recursos con los que contaba el Museo. Era tal la condición general que casi todas los meses miembros del equipo de trabajo debían aplazar el pago de sus honorarios, la entidad cerraba los fines de semana por falta de presupuesto, las salas se encontraban deterioradas, no existía una taquilla de cobro estable sino más bien se invitaba al pago voluntario, no se contaba con un buen sistema de vigilancia y, como si fuera poco, los pocos recursos prometidos por la Alcaldía y la Gobernación llegaban con retraso lo cual redundaba en complejas relaciones interinstitucionales.

Al inicio de la década de los noventa, Fernando Botero, que había ofrecido donar una cantidad importante de obras de su autoría y de su colección privada a la ciudad de Medellín, retiró dicho ofrecimiento en señal de protesta por el poco apoyo que se le dio al Museo y la indiferencia que recibió a cambio. La propuesta exigía la ampliación de la Institución hacia una nueva sede con una zona verde para el disfrute y la comodidad de los visitantes. Ante el silencio de Medellín, Bogotá salió al paso y recibió el lote de obras maestras en un espacio acondicionado para tal fin dispuesto por el Banco de La República en barrio de La Candelaria. Como reacción a la pérdida de lo que un sector amplio de gestores culturales, artistas plásticos, administradores públicos y la sociedad antioqueña consideraba como propio, se inició un movimiento para atraer de nuevo la generosidad de Botero a su ciudad natal.

El periodo administrativo municipal comprendido entre 1998 y 2000, en cabeza de Juan Gómez Martínez como alcalde de Medellín y Pilar Velilla en la dirección general del Museo, reconoció el valor de la donación prometida a Medellín, de ahí que se pensara en una Institución renovada a partir de un proyecto de ciudad. El primer paso fue incluir la totalidad del proyecto como parte del Plan de Ordenamiento Territorial con la inclusión de importantes ejes, tales como la recuperación del espacio público, el fortalecimiento del patrimonio cultural y el turismo. Ciudad Botero fue el nombre que recibió este esfuerzo conjunto de la sociedad civil y el Gobierno local, como un hecho de renovación no solo urbanística sino también de tejido social en medio de un contexto generalizado que buscaba recomponer a la ciudad de los estragos de la violencia que sufría debido a los actos de terrorismo y violencia de los años ochenta y noventa.

Una de las situaciones que hizo complejo el proyecto fue la demolición de una parte del comercio del sector ubicado en el lote que hoy ocupa la Plaza Botero y que correspondía a un complejo de edificios vecino al Palacio Municipal, antigua sede de la Alcaldía y ahora futuro Museo. Esta decisión llevó a que los comerciantes de la zona se organizaran para que sus derechos no fueran vulnerados, de ahí las múltiples manifestaciones y acciones legales que clamaron por el lucro cesante de los afectados, quienes, aunque no se negaban al proyecto pretendían la entrega de locales para el desarrollo futuro de su actividad comercial. Para lograr este acuerdo, la Alcaldía instaló una comisión que medió en el proceso de compra y entrega de nuevos espacios comerciales. El acuerdo benefició principalmente a los propietarios mas no a los inquilinos. Es importante resaltar que la gerencia de este aspecto del proyecto estuvo en cabeza de Tulio Gómez, quien por dos años lideró el plan de renovación urbanística tanto del edificio como de sus espacios aledaños.

Con relación a la Plaza Botero, cuenta con una extensión de aproximadamente 7000 metros cuadros. Su entrega a la ciudad se hizo en dos etapas, la primera en el año 2000 al momento de la inauguración de la nueva sede del Museo de Antioquia, y otra en el año 2002 cuando se entregaron en su totalidad las 23 esculturas donadas por Botero y que venían de una importante itinerancia internacional por ciudades como París, Nueva York, Madrid, Florencia, y ahora Medellín como residencia permanente para constituir un nuevo símbolo de la ciudad.